Crohn hastalığının tam olarak neden kaynaklandığı kesin olarak bilinmemekle birlikte, yapılan araştırmalarda bazı potansiyel etkenler üzerinde durulmuştur. Hastalığa sahip ebeveynlere sahip olan çocuklarda, Crohn hastalığının görülme olasılığının normalden 14 ila 15 kat daha fazla olduğu gözlemlenmiştir. Ancak, Crohn hastalığının bulaşıcı bir hastalık olmadığı ve hastalıklı bir kişiden sağlıklı bir kişiye herhangi bir şekilde bulaşmadığı belirlenmiştir.

Stresin, Crohn hastalığının oluşumu üzerindeki etkileri de tartışmalıdır. Stresin, hastalığın alevlenmesine veya semptomların kötüleşmesine katkıda bulunabileceği düşünülmekle birlikte, bu konuda net bir bağlantı ortaya koymak zordur. Sonuç olarak, Crohn hastalığının karmaşık bir etiyolojiye sahip olduğu ve genetik, çevresel ve bağışıklık sistemi faktörlerinin bir araya gelmesiyle ortaya çıktığı düşünülmektedir.