Tedavi genellikle cerrahi olarak uygulanır. Ameliyat seçimi, fistülün tipine, büyüklüğüne ve nedenine bağlı olarak değişir. Farklı cerrahi yöntemler, transperineal, transvajinal, transanal ve abdominal yaklaşımları içerebilir. Tedavi edilmezse, tekrarlayan enfeksiyonlar, ağrılı cinsel ilişki ve diğer komplikasyonlar ortaya çıkabilir. Rektovajinal fistülün kendiliğinden iyileşme olasılığı düşüktür, bu nedenle cerrahi müdahale gereklidir.